Doktor Neo Cortex znowu atakuje - jego cele jak dotąd się nie zmieniły. Nadal chce przejąść kontrolę nad światem. W tym celu przy pomocy specjalnego planetarnego zmniejszacza pomniejszył całą Ziemię do wielkości mandarynki. Doktor ma jednak pecha - zupełnie zapomniał o rudym lisku, Crashu Bandicoocie, który już wielokrotnie udowodnił, iż jest w stanie uratować Ziemię. Tym razem także staje do walki ze złym doktorem, chcąc go pokonać musi jednak zobyć dwanaście kryształów niemal identycznych z tymi, których Cirtex użył do swoich złych celów. Przywrócą one światowi odpowiednie proporcjonalności, a przy okazji Crash stanie się popularny.