Akcja Dragoneer's Aria przenosi nas do niesamowitego świata fantasy. W krainie tej panuje pokój dzięki sześciu smokom panującym nad żywiołami: wodą, ogniem, ziemią, wiatrem, lodem oraz błyskawicą. Owe stwory panują zarówno nad klimatem, jak i naturą panującą w krainie. Z tego właśnie powodu istoty te są wielbione zarówno przez ludzi, jak i człekokształtne istoty, jako opiekunowie świata. Ze względu na znaczenie smoków w całym świecie są one chronione przez elitarną grupę rycerzy, która nie może dopuścić do zabicia, a nawet zadrapania któregoś z nich.

Historia gry zaczyna się w momencie, gdy młoda dziewczyna o imieniu Valen kończy swoje studia w smoczej szkole. Wychodząc z budynku nagle zauważa ona tajemniczego czarnego smoka, który zaczyna niszczyć krainę, którą zamieszkuje absolwentka. Obrońcy elementarnych smoków nie dają rady pokonać czarnego, posiadającego przerażające moce smoka. Valen postanawia więc rozpocząć działania na własną rękę - wyrusza do walki ze smokiem, po drodze spotykając ludzi o podobnych aspiracjach i odnajdując przydatne w wykonaniu misji przedmioty.

Dragoneer's Aria to typowa gra RPG, w której istotnym elementem jest walka - przemierzając ogromny świat gry niejednokrotnie przyjdzie nam bowiem spotkać się z ludźmi nie zgadzającymi się z naszymi poglądami, a takie sytuacje będziemy rozstrzygać tylko jednym sposobem. Walka w grze rozgrywa się, podobnie jak w większości gier z tego gatunku na konsolki przenośne, w systemie turowym - wybieramy atak lub działanie obronne i czekamy na posunięcie przeciwnika, obserwując bardzo efektowne zjawiska. Warto wspomnieć o zdobywanej przez graczy manie - nie regeneruje się ona w sposób samoczynny, lecz jest zdobywana w miarę pokonywania oponentów. Zdobyte punkty wykorzystujemy nie tylko do używania czarów, których ilość jest spora, lecz także do korzystania ze smoczych kul, których wykorzystanie przynosi rozmaite efekty. Warto wspomnieć o dość nietypowym rozwiązaniu parowania ciosów przeciwnika: gdy oponent atakuje, bierzemy udział w grze polegającej na wciskaniu przycisków w odpowiednim rytmie. Im większy sukces odniesiemy w tej mini-gierce, tym mniej obrażeń zada nam nasz przeciwnik.

W Dragoneer's Aria dużą rolę grają umiejętności naszych postaci: w zależności od tego, kto jest liderem naszej drużyny, wszyscy członkowie zyskują jego specjalne umiejętności. Jeżeli na przykład lider potrafi samoczynnie, w miarę upływu czasu się leczyć, to będą to potrafili również pozostali członkowie drużyny.