Akcja UFO: Afterlight przenosi gracza na Marsa - najbardziej tajemniczą ze wszystkich planet - gdzie ludzie przy niemałej pomocy Reticulantów stworzyli bazę. Ludzie odkryli na planecie pozostałości po jakiejś cywilizacji i zaczęli prowadzić wykopaliska (naturalnie w celu zwiększenia swej wiedzy). Okazało się jednak, że był to duży błąd - czynnością tą uruchomili bowiem starożytny system obronny, mający na celu anihilację wszystkich innych ras przybywających na Marsa. Rozpoczyna się walka o przetrwanie.