Podczas eksploracji nieznanych ruin na zapomnianej wyspie najlepszy przyjaciel Jacka, Daxter, wpada do dziwnej substancji. Przemienia go ona w podobnego do łasicy gryzonia. Jak szuka porady (na temat powrotu do wcześniejszego stanu swojego kumpla) Samosa Hagai, mądrego mieszkańca wioski. Mówi on mu, iż jest tylko jedna osoba, która może przywrócić Daxter'owi dawną postać: tylko ona posiada tak dużo mocy, by temu podołać. Jak i Daxter wyruszają więc w podróż, by o...